- Op 15 maart 1345 braakt een stervende man de heilige hostie uit, nadat hij de ziekencommunie heeft gekregen. Het braaksel, inclusief de hostie, wordt volgens de kerkelijke voorschriften in het haardvuur gegooid. De volgende ochtend vinden de bewoners de hostie ongeschonden in de as.
- Een vrouw brengt de miraculeuze hostie naar de pastoor van de Sint-Nicolaaskerk (de huidige Oude Kerk), maar de volgende dag is de hostie op wonderlijke wijze weer terug in het huis in de Kalverstraat. Dit herhaalt zich nog één of twee keer. De diepgelovige Amsterdammers interpreteren het als een teken dat de wonderhostie niet in de parochiekerk, maar op die heilige plek in een eigen heiligdom vereerd moet worden.
- De "zelfverplaatsing" van de hostie maakt geen deel uit van de oudste tekst over het mirakel en is één van de elementen die later aan het verhaal zijn toegevoegd.
- De bisschop van Utrecht erkent het wonder al snel. Op de plaats van de woning wordt in 1346-1347 een grote bedevaartkerk gebouwd. De haardstede blijft hierin tot 1624 bewaard.
- In 1421 en 1452 branden de kapellen deels af bij de grote stadsbranden van Amsterdam, waarbij de monstrans met de hostie zouden zijn gespaard. De kapel wordt herbouwd.
- In 1504 bevestigt paus Pius V de verering. In 2004 schrijft paus Johannes Paulus II een Jubileumbrief. Een kopie daarvan hangt in de huidige sacristie.
- Om de toestroom van pelgrims in goede banen te leiden, wordt vanuit Sloten een pad aangelegd: de Heilige Weg.
Alteratie
- Bij de Beeldenstorm van 1566 probeert een groep vrouwen het kerkgebouw nog te beschermen, maar tevergeefs: de plunderaars slaan alles kort en klein. De Mirakel-hostie raakt vermist.
- De kapel komt na de Alteratie van 1578 in protestantse handen. De katholieke schuilkerk aan het Begijnhof neemt de functie van Mirakelkerk over. De protestanten gebruiken de kapel eerst als paardenstal en opslag en later als de protestantse Nieuwezijds Kapel.
- In 1881 ontdekken twee katholieke Amsterdammers een document uit 1651 waarop de oude processieroute staat aangegeven en blazen dat jaar de processie nieuw leven in. De Stille Omgang was een stille verwijzing naar het processieverbod van na de Alteratie.
- De Nederlandse Hervormde gemeente sloopt het gebouw in 1908, met als argument dat de dure grond beter kan worden verkocht, ondanks katholieke protesten. Op de plek komt een gebouwencomplex met een nieuwe protestantse kerk en winkels aan de Kalverstraat en het Rokin.
- Bij de opgravingen voor de nieuwbouw komen onder de vloer enkele honderden grafzerken tevoorschijn, waarvan sommige dateren uit het einde van de 16e eeuw.
- De kapel verliest zijn religieuze bestemming in de jaren zestig en wordt een zalencentrum, veilingzaal, moskee en plek voor houseparties. In 2005 huisvest een Britse uitbater er de toeristenattractie Amsterdam Dungeon en het zalencentrum Park Plaza.
- In 2007 verkoopt de protestantse kerk het gebouw en de omliggende winkels voor bijna 40 miljoen euro.
